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黃麴毒素的毒性非常強，有很強的肝毒性、致癌性、免疫抑制力等，被世界衛生組織列為一級致癌物，歷史上也有許多因吃進黃麴毒素污染的食物而急性死亡的案例。大量吃進黃麴毒素，會造成急性肝中毒，其主要症狀為嘔吐、腹痛、痙攣、肝衰竭等；黃麴毒素也有累積效應，慢性黃麴毒素中毒可能會增加罹癌的風險。
黃麴毒素可以依照結構再分為幾類，主要有B1、B2、G1、G2；以及B1代謝後的產物M1、B2的代謝後產物M2等類，這些類型中的毒性以B1最強，是目前已知致癌性最強的天然物。
受到菌污染的食物，若環境條件適合時會生成黃麴毒素，但從外觀上只能看出是否受菌的污染，看不出來是否有毒素的生成。而不論是哪種類型的黃麴毒素都十分耐熱，一般的調理烹煮的溫度，不會讓毒素的毒性消失，因此，受到真菌污染的食物一定要丟棄，絕對不能使用，避免將黃麴毒素吃下肚子。
哪些東西常會有黃麴毒素？
衛福部食藥署對於食品中的真菌毒素有限量規範，每年對於市售的產品也會進行黃麴毒素含量的抽查，若抽查的結果超標，就會要求業者改正與回收產品。最容易超標的不合格食品主要為花生的加工製品，像是花生粉、花生糖等，薏仁也是不合格的常客。
花生經過加工的處理變成花生糖、花生粉時，破壞了籽粒的完整型態，讓真菌更有機會生長；消費者也無法由花生糖與花生粉看出花生顆粒的原貌，很難確認這些產品使用的花生原料，到底有無受到真菌污染，因此。此外，動物飼料可能也會混入受黃麴毒素污染的穀物，因此黃麴毒素也可能會累積在動物的肝臟中。
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